Vì sự can thiệp của nhà cầm quyền trong các sứ vụ truyền giáo và vấn đề chiếm đất ở Tân Thế Giới đã khiến thổ dân da đỏ nổi dậy và Giáo Hội đã mất đi các nhà truyền giáo hăng say. Là người cùng thời với Chân Phước Junipero Serra và trong thời gian cuộc Cách Mạng Hoa Kỳ, Phanxicô Garcés sinh ở Tây Ban Nha năm 1738, và ngài gia nhập Dòng Phanxicô ở đây.

Sau khi thụ phong linh mục năm 1763, ngài được sai đến Mễ Tây Cơ. Năm năm sau ngài được bổ nhiệm về San Xavier del Bac gần Tucson, Hoa Kỳ, là một trong các trung tâm truyền giáo do các cha dòng Tên đã thành lập trước đây trong tiểu bang Arizona và New Mexico, mà sau đó, vào năm 1767, các cha dòng Tên đã bị trục xuất ra khỏi phần lãnh thổ thuộc quyền kiểm soát của vua Tây Ban Nha người Công Giáo.

Ở Arizona, Cha Phanxicô làm việc cho các thổ dân da đỏ người Papago, Yuma, Pima và Apache. Công cuộc truyền giáo đã đưa ngài vượt qua rặng Grand Canyon và đến tiểu bang California.

Cha Palou, người cùng thời với Cha Garcés, viết lại rằng Cha Garcés được người thổ dân rất quý mến, và ngài sống với họ trong một thời gian lâu mà không bị nguy hại gì. Họ thường đem thực phẩm cho ngài và mỗi khi gặp ngài, họ thường chào "Vạn Tuế Ðức Giêsu," là câu tung hô mà ngài đã dạy cho họ.

Ðể bảo vệ các thổ dân tân tòng, các nhà truyền giáo Tây Ban Nha dự định xây cất các trung tâm truyền giáo cách biệt với nơi trú đóng của binh lính và thực dân Tây Ban Nha. Nhưng quan chỉ huy ở Mễ Tây Cơ quyết định rằng hai trung tâm truyền giáo dọc theo sông Colorado, là Trung Tâm San Pedro y San Pablo và Trung Tâm La Purísima Concepcion, phải là nơi chung đụng giữa binh lính và thổ dân.

Một cuộc nổi dậy của người Yumas chống với binh lính Tây Ban Nha đã khiến các tu sĩ Juan Diaz và Matias Moreno từ trần ở Trung Tâm San Pedro y San Pablo. Các cha Phanxicô Garcés và Juan Barreneche bị giết ở Trung Tâm La Purísima Concepcion.

Trong thế kỷ 18, các thổ dân vùng Tây Nam Hoa Kỳ coi đạo Công Giáo và quyền lực Tây Ban Nha là một. Khi họ muốn loại bỏ quyền lực thì tôn giáo mới cũng phải ra đi. Chúng ta có dám chấp nhận những biến cải có thể chấp nhận được về đức tin Công Giáo của các dân tộc khác không? Chúng ta có bực mình về những phong tục của người Công Giáo trong các nền văn hóa khác không? Chúng ta có coi gương mẫu đời sống của chúng ta là một đóng góp cho công cuộc truyền giáo không?

Trong chuyến tông du Phi Châu năm 1969, Ðức Giáo Hoàng Phaolô VI nói với 22 người Uganda tân tòng rằng "trở nên một Kitô Hữu là điều tốt nhưng không luôn luôn dễ dàng."